Opintojen loppuvaiheessa oppilas tekee lopputyön. Lopputyö on itsenäinen teos tai teossarja, jonka oppilas itse suunnittelee ja toteuttaa. Lopputyötä tehdään omassa työpajaryhmässä opettajan ohjauksessa sekä itsenäisesti omalla ajalla. Teoksen lisäksi oppilas tekee lopputyöstä portfolion, jossa hän esittelee teosta ja työprosessiaan.
Oppilaan on oltava lopputyötä aloittaessaan vähintään 16-vuotias ja hänellä tulee olla perusopintojen portfolio tehtynä ja arvioituna. Hänellä tulee olla 2-3 vuotta työpajaopintoja suoritettuna ennen lopputyön aloittamista.
Lopputyön tekeminen ei aina tarkoita opintojen päättymistä, vaan usein oppilas jatkaa opintoja syventävissä opinnoissa lopputyön tekemisen jälkeen. Saadakseen koko laajan oppimäärän päättötodistuksen opintoja on oltava riittävä määrä (vähintään 70% sekä perusopintoja että syventäviä opintoja). Pääsääntöisesti työpajaopinnoissa ollaan yhteensä 5 lukuvuotta, jotta päättötodistukseen riittävä määrä täyttyy. Suoritettujen opintojen laajuus kannattaa tarkistaa toimistosta, jos oppilaan tavoitteena on saada laajan oppimäärän päättötodistus lopputyön tekemisen jälkeen. Opintojen korvaamisesta muilla opinnoilla tai näytetöillä sovitaan rehtorin kanssa.
Lopputyöopas