Koulu on aloittanut toimintansa vuonna 1995, jolloin se keräsi yhteen siihen asti kolmessa eri koulurakennuksessa käyneet alakoulun oppilaat. Entinen pankki- ja kauppakiinteistö saneerattiin kouluksi vanhempien aloitteesta ja paljon töitä tehtiin myös talkoilla. Syksyllä 2019 myös Alaviirteen koulun oppilaat siirtyivät Lohtajan Kirkonkylän koulun oppilaiksi.
Lohtajan Kirkonkylän koulu painottaa opetuksessaan hyviä tapoja ja kannustaa oppilaita liikkumiseen ja terveisiin elämäntapoihin.
Koulussamme toimii perusopetuksen luokat 1-6 sekä Lohtajan esiopetus. 5.-6.luokat opiskelevat fyysisesti Lohtajan koulun (yläkoulu) tiloissa tilanpuutteen takia.